Aspetta, praticamente ti trovi la classica "porta" rossa che segnala la non giunzione del binario?
A me era capitato questo e ho risolto cancellando circa 300m di binario, e poi riattacandolo però facendogli fare una lieve curva verso destra, in modo da creare poi uno scambio dalla quale ho eliminato il pezzo dritto 
In questo modo TS 2013 lo vede come un deviatoio e non un binario dritto e basta e lo legge correttamente 
PS: é un sistema un pò azzardato e non sempre funziona.. ma si può provare come ultima spiaggia!
La Milano Mortara è una route abbastanza datata a livello "posa". Con RW2 funzionava perfettamente. Io l'ho avuta in mano a fasi alterne. Dopo un periodo medio lungo, l'ho ripresa in mano per finire l'arredo da Gagiano a Mortara escluso quello che aveva già fatto Fabio T. Marco Litto si era accorto, facendo una activity di prova, che in alcune stazioni non era possibile creare activity in quanto l'editor continuava a dare errori.
Il primo problema era dovuto a delle interruzioni della catenaria dovute, probabilmente, a rifacimenti di tratti del piano binari per enne motivi e a quel punto l'editor falliva la stazione ma perché mancava corrente. Difatti con le diesel non succedeva. Ho rifatto passare tutta la route e ho sistemato.
Persisteva l'errore in alcune stazioni ... MI Pta Genova, Vigevano, Mortara dove ho dovuto rifare l'intera stazione.
Ora non so a cosa sia imputabile .... se nel passaggio di release ... se a modifiche dei binari di AT (dopo l'inclinazione), ecc...
Al momento sembra funzionare tutto correttamente.
Adesso proverò a fare come dici tu per vedere se il segnalamento si comporta in maniera differente.
